12 февраля король, пользуясь своей прерогативой, повелел, чтобы обвинения в адрес Саффолка представили на его рассмотрение, хотя палата общин желала, чтобы герцога судила палата лордов. Потом целый месяц Генрих колебался, медлил и уклонялся от решений. Тем временем, 9 марта, его раздраженная палата общин присовокупила к петиции другие пункты, обвинив герцога в «ненасытной» алчности, которая привела к растрате государственных средств и налогов и обнищанию монархии, а также в назначении по его собственной воле шерифов, «которые исполняли все его желания, тщась угодить ему». Он совершал «позорные, возмутительные вымогательства и убийства; душегубы, мятежники и не стесняющиеся своих преступлений и своей низости злодеи, видя, каким могуществом и какой властью обладает он во всех частях Вашего королевства, стекались к нему, шли служить ему и получали от него жалованье, под его началом и с его одобрения творя всяческие бесчинства, от чего страдали верные Ваши подданные». Многие из этих обвинений, разумеется, были справедливы, но не существует никаких свидетельств, что Саффолк намеревался возвести на трон своего сына или что он замышлял заговор вместе с французами. К тому же он был далеко не единственным владетельным феодалом, запятнавшим себя взяточничеством и коррупцией в особо крупных размерах.
Генрих VI не позволил парламенту официально рассмотреть ни одно из обвинений. Вместо этого он 17 марта призвал Саффолка на них ответить. Герцог отрицал их все, говоря, что «они слишком ужасны, чтобы облечь их в слова, совершенно ложны и безосновательны и сделаны в вопиюще грубой манере». Затем председатель канцлерского суда сообщил ему, что король не считает его виновным в преступлениях, упомянутых в первом билле, и не объявляет его изменником. Однако, видя, что палата общин громогласно требует крови Саффолка, король отчасти признал правоту второй череды обвинений. Королева, стремившаяся спасти человека, который сделал все для заключения ее брака, в какой-то степени заменил ей отца и неизменно с самого начала поддерживал ее, убедила Генриха, что палата общин вполне удовлетворится, если герцога приговорят к изгнанию. Король согласился и приговорил Саффолка к изгнанию сроком на пять лет начиная с мая.
Палата общин и народ пришли в ярость. С их точки зрения, парламентское правосудие обманули и обошли те, кому по долгу службы надлежало блюсти его. Своим вмешательством король спас жизнь Саффолку: парламент охватило такое негодование, что если бы герцог предстал перед судом, то, несомненно, был бы приговорен к смертной казни, полагавшейся за государственную измену. Палата лордов разгневалась, поскольку король, избрав судьбу Саффолку, не посоветовался с нею. Лондонцев в особенности возмутил приговор: 18 марта, когда герцог был освобожден из Тауэра и отправился к себе домой, в лондонский район Сент-Джайлс, разъяренная толпа попыталась ворваться к нему в особняк, намереваясь подвергнуть его суду Линча, и ему пришлось бежать через заднюю дверь. Раздосадованные тем, что жертва от них ускользнула, лондонцы вместо этого захватили его коня и напали на его слуг. Герцог укрылся в своем поместье Уингфилд в Саффолке, где и пробыл полтора месяца, до самой ссылки. Сохранилось трогательное прощальное письмо, которое он написал сыну; в нем он наказывал мальчику верно служить Господу и сюзерену.
В четверг, 30 апреля, Саффолк отплыл в изгнание, выйдя из Ипсвича в Кале с небольшим отрядом на двух кораблях и маленькой шлюпке, которую, как явствует из письма, отправленного 5 мая из Лондона Уильямом Ломнером в Норфолк Джону Пастону, он заранее послал вперед, с депешами, «предназначенными его доверенным людям в Кале, чтобы выяснить, как его там примут». В тот же день, к вечеру, в проливе Па-де-Кале корабль герцога был перехвачен флотилией, состоявшей из небольших судов, которые уже подстерегали его, и в том числе «поджидал герцога корабль под названием „Николас из Тауэра“». «Николас» не был пиратским судном, как утверждали впоследствии некоторые историки; Бенет описывал его как «большой корабль», и действительно, он входил в состав королевского флота, а капитаном его был Роберт Уэннингтон, судовладелец из Дартмута.
Согласно позднейшей легенде, увидев приближающийся корабль, Саффлок спросил, какое название он носит, и, услышав: «Николас из Тауэра», вспомнил, что старуха-прорицательница некогда предсказала ему, что если он избежит опасности попасть в Тауэр, то спасется. Теперь же он «пал духом». Капитан «Николаса» «знал о том, что к нему подплывает герцог, ибо допросил герцогских людей, что были в посланной заранее шлюпке», и теперь отправил двоих своих матросов в маленькой лодке к Саффолку с известием, что «хочет поговорить с их господином. И потому Саффолк с двоими-троими своими приближенными спустился к ним в лодку и приплыл на „Николас“, а когда достиг его, капитан встретил его словами: „Добро пожаловать, изменник!“» Саффолк пробыл на борту «Николаса» до следующей субботы и, по слухам, предстал перед неким подобием суда, который рассмотрел по всем пунктам прежде предъявленные ему обвинения и признал его виновным. И на глазах у всех его людей, – вероятно, маленький флот Саффолка плыл за ними следом, – «его вытащили из большого корабля и столкнули в маленькую лодку, где уже были приготовлены топор и плаха и где гнуснейший мерзавец из команды „Николаса“ приказал ему положить на плаху голову». Палач присовокупил, что если он будет повиноваться, то «с ним поступят честно и он умрет от меча». С этими словами матрос «вытащил ржавый меч и отрубил ему голову полудюжиной ударов, а затем снял с него кафтан из красновато-коричневой домотканой материи и бархатный колет, подбитый кольчугой, а тело бросил на берегу в Дувре. Говорят также, будто голову его насадили на шест и оставили рядом с телом». Голова и тело целый месяц пролежали на песке, разлагаясь, пока король не повелел доставить их в Уингфилдскую церковь для погребения.
Саффолк умер, всеми ненавидимый, и многие возликовали, узнав о его гибели. Имя его поносили во всевозможных куплетах на политические темы и злорадно пересказывали историю его падения. Личности его убийц так и не были установлены; вероятно, они действовали по приказу