Королева Маргарита провела несколько дней в замке Экклсхолл, в тревоге ожидая вестей. Когда же они пришли, Маргариту сразило горе: битва была проиграна, многие ее приверженцы погибли или бежали, а король попал в руки йоркистов, которые отныне подчиняли себе не только монарха, но и правительство и административные департаменты государства. Впрочем, пока королева и ее сын находились на свободе, йоркистам рано было успокаиваться.
Несколько ланкастерских пленников, захваченных на поле битвы, в том числе лорды Хангерфорд и Лавелл, ускользнули из неволи, но другие, включая лорда де ла Вейра и графа Кендала, перешли в стан йоркистов. Маргарита решила, что разумнее будет покинуть Экклсхолл, и вместе с сыном и несколькими слугами бежала через Чешир в Уэльс. Возле замка Мэлпас один из ее слуг, Джон Кледжер, ограбил ее, похитив ее сокровища и драгоценности, и даже угрожал убить ее и принца, после чего часть свиты покинула ее. Впрочем, пока Кледжер обыскивал ее переметные сумы, королева и ее сын сумели бежать с помощью оставшихся служителей и мужественного четырнадцатилетнего мальчика, Джона Кума из Эннсбери; сидя позади своего спасителя верхом на одной лошади, королева и принц приехали к Джасперу Тюдору в замок Харлех. Здесь ее встретил теплый прием, Джаспер Тюдор осыпал ее дарами. Деверь «весьма утешил» ее, «когда она особенно в этом нуждалась», хотя он и отдавал себе отчет в том, что не сможет приютить ее надолго.
Джаспер контролировал принадлежащий Йорку замок Денби и предложил королеве перебраться туда. Как гласит «Хроника Грегори», она покинула Харлех тайно, «ибо не осмеливалась останавливаться нигде, разве что скрытно», поскольку «ей присылали поддельные предметы, якобы от ее грозного лорда и повелителя короля, но на самом деле от обманщиков, ибо те, кто привозил ей эти монаршие знаки, были сторонниками короля и предупреждали, чтобы она не верила в подлинность оных знаков, потому что лорды изо всех сил стремились вернуть ее в Лондон, зная, что на самом деле страной управляет она сама, ведь она была мудрее короля».
Распустив слух, будто она отправилась во Францию набирать войска, Маргарита поехала в Денби, где к ней вскоре присоединились Эксетер и другие видные сторонники Ланкастеров. По их указанию она теперь написала Сомерсету, Девону и другим своим приверженцам, прося их набрать армию на севере и ожидать ее в Халле (Гуле). 9 августа Пембрук, наряду с другими роялистскими комендантами йоркистских замков в Уэльсе, получил от йоркистского совета приказ сдать Денби йоркистскому уполномоченному Эдварду Буршье. Он отказался и продолжил вербовать валлийцев в войско королевы и принца Уэльского, «надежды Британских островов», и Йорк так и не вернул себе верховной власти над Уэльсом.
Тем временем в Лондоне Солсбери, Кобем и городское ополчение осадило лорда Скейлса в Тауэре, разместив на противоположном берегу Темзы бомбарды и «другие мощные орудия» и «обстреляв стены, так что они в разных местах покрылись трещинами». 16 июля король в сопровождении йоркистских графов вступил в город с большой свитой и остановился в епископском дворце, а лондонцы «возблагодарили Всемогущего Господа и вознесли хвалу Ему» за йоркистскую победу. Спустя почти три недели Скейлс приготовился сдаться. У него заканчивались съестные припасы, и он оставил всякую надежду получить подкрепления; кроме того, он уступил мольбам охваченных паникой благородных леди, которые нашли приют в Тауэре. В ночь после сдачи крепости Скейлс попытался бежать на лодке и укрыться в Вестминстерском аббатстве, однако лондонские лодочники окружили его судно, вытащили его и жестоко убили, бросив его окровавленный труп, «нагой, словно червь», на ступени монастыря Сент-Мэри-Овери (Святой Марии Заречной) в Саутварке.
Королева Маргарита к этому времени покинула Денби и отправилась морем из Уэльса вдоль побережья в Берик, намереваясь искать убежища в Шотландии, где король Яков II, мать которого происходила из семейства Бофорт, симпатизировал Ланкастерам. Шотландская королева Мария Гелдернская, оповещенная о прибытии Маргариты, отрядила посланника, Дункана Дандаса, сопроводить ее в Дамфрис, где ее и ее сына ожидал теплый прием. Затем они остановились в аббатстве Линклуден, там их как гостей королевы окружили всевозможной роскошью и пышностью.
Впрочем, именно в ту пору Шотландия облачилась в траур по безвременно погибшему королю, убитому при взрыве артиллерийского орудия во время успешной осады Роксбурга, где затворились сторонники йоркистов. Регенты не встретили прибывшую из Уэльса Маргариту, так как съехались в ту пору в Эдинбург на погребение покойного короля и коронацию Якова III. Однако дружеские отношения с домом Ланкастеров и после смерти Якова II будут поддерживать его вдова и епископ Сент-Эндрюса, возглавившие недавно учрежденный регентский совет.
Из Линклудена Маргарита написала Марии Гелдернской, умоляя дать ей убежище и поддержать в борьбе с врагами. Мария откликнулась сочувственно и вскоре приехала в Линклуден вместе с маленьким королем утешить Маргариту и уверить ее, что вскоре предоставит ей помощь. Королевы пробыли в аббатстве двенадцать дней, обсуждая, как именно эта помощь должна выглядеть. Наконец Мария согласилась дать ей солдат и ссудить деньгами на кампанию против йоркистов при условии, что Маргарита уступит шотландцам город Берик. Не представляя себе, с каким ужасом подданные ее супруга воспримут передачу врагам одного из наиболее ожесточенно оспариваемых приграничных городов, Маргарита с готовностью, почти небрежно сказала «да». Тогда Мария приказала графам Дугласу и Энгусу собрать своих приближенных и сопроводить Маргариту назад в Англию. Королеву отличало такое мужество, что оба этих закаленных в битвах полководца прониклись к ней почтением; к тому же они с удовлетворением услышали, что Маргарита обещает им богатую и легкую добычу на процветающем юге Англии, если они дадут слово не разорять и не разграблять земли к северу от реки Трент.
Пока завершались эти приготовления к войне, Мария предложила Маргарите пожить в Шотландии и останавливаться в Фолклендском дворце и других королевских резиденциях; здесь Маргарита могла пользоваться