22 апреля 1920 года, согласно приказу главнокомандующего Народно-революционной армии ДВР Генриха Эйхе, Тряпицын был назначен командующим Охотским фронтом, а согласно тому же приказу все подчиненные ему партизанские отряды были преобразованы в части Народно-революционной армии ДВР.
В мае японское командование из захваченного Хабаровска направило войска в Николаевск. Японские корабли с десантом заняли Северный Сахалин и вошли в устье Амура, приближаясь к крепости Чныррах. Еще 10 апреля 1920 года руководство Охотского фронта приняло решение эвакуировать население в село Керби и сжечь Николаевск и крепость Чныррах, чтобы не допустить создания японской военной базы. Перед началом общей эвакуации под патронажем китайского консула удалось эвакуировать китайскими канонерками иностранцев – главным образом китайцев с семьями, а также немного англичан, поляков и др. в поселок Маго в 30 км от Николаевска. Эвакуация населения началась 23 мая и завершилась 30 мая. Основная часть населения Николаевска и партизан была переправлена на пароходах в район села Керби. Перед уходом из города партизаны расстреляли 129 пленных японцев и японок, а также всех уцелевших узников тюрьмы, в том числе группу коммунистов во главе с командиром партизанского отряда Иваном Будриным, арестованных за подготовку заговора против Тряпицына. В тюрьме было убито не менее 1500 человек. Бывший судебный следователь Константин Емельянов, чудом переживший николаевскую резню, вспоминал, что после эвакуации китайцев 20 мая «аресты и убийства приняли массовый характер. Арестовывались жены и дети убитых ранее граждан, офицеров, оставшиеся в живых интеллигенты, чиновники и лица, принадлежащие к торгово-промышленному классу. Аресты производились ночью. Часть арестованных тотчас же отводилась на берег Амура и там убивалась, а тела их сбрасывали в реку… 28 мая началось поголовное истребление оставшихся жителей. Арестовывали среди белого дня, приводили в следкомиссию, там связывали назад руки и оставляли ожидать «составления партии», как выражались большевики. После того как партия достигала 20–30 человек, ее увозили на катере, который доставлял связанных на середину реки Амура, и тут ударом колотушки по голове арестованных заставляли терять сознание и бессознательного сбрасывали в Амур. Этот способ убийства был, по рассказам, изобретен партизаном Силиным».
В ночь с 31 мая на 1 июня 1920 года Николаевск-на-Амуре был подожжен. Были взорваны частично сооружения и все вооружение крепости Чныррах. В радиограмме, посланной 1 июня командованию Народно-революционной армии ДВР, Тряпицын сообщал: «Товарищи! В последний раз говорим с вами. Оставляем город и крепость, взрываем радиостанцию и уходим в тайгу. Все население города и района эвакуировано. Деревни по всему побережью моря и в низовье Амура сожжены. Город и крепость разрушены до основания, крупные здания взорваны. Все, что нельзя было эвакуировать и что могло быть использовано японцами, нами уничтожено и сожжено. На месте города и крепости остались одни дымящиеся развалины, и враг наш, придя сюда, найдет только груды пепла. Мы уходим…» По словам Константина Емельянова, «в последние дни, когда город уже горел, не успевшие убежать или выехать из города жители столпились на пристанях в ожидании перевозочных средств. Ищущие спасения от огня не знали, что под пристанями заложено большое количество взрывчатого вещества. Партизаны придумали для себя новое наслаждение: взорвав пристани, на которых находилось много народа, они могли видеть, как вверх летели искалеченные трупы, сломанные балки, доски, бревна, окрашенные кровью русских людей, ожидавших свободы, равенства и братства. Теперь уже партизаны не стеснялись никакими формами и обрядностями при совершении убийства. Они ходили по улицам и всех, кого встречали, убивали; если преследуемый бежал, выстрел укладывал его на месте».
Вслед за армией, отступающей вдоль берега Амура, 3 июня Тряпицын выехал вместе со своим штабом. У таежного поселка Керби по постановлению областного исполкома Тряпицын вместе со всем штабом в результате заговора был арестован группой партизан-николаевцев во главе с членом исполкома и начальник Сахалинской областной милиции Иваном Андреевым. Он был предан «суду 103» – по числу представителей от всех партизан Охотского фронта. Все 103 участника суда проголосовали за смертный приговор. Тряпицын, его гражданская жена, большевичка Нина Лебедева-Кияшко, начальник штаба Охотского фронта и еще 30 их ближайших сподвижников были расстреляны вблизи Керби 9 июля 1920 года. Приговор «суда 103» гласил: «За содеянные преступления, повлекшие за собой смерть около половины населения Сахалинской области, разорившие весь край, постоянно подрывавшие доверие к коммунистическому строю среди трудового населения области и могущие нанести удар авторитету советской власти в глазах трудящихся всего мира граждан – Тряпицына Якова, Лебедеву Нину, Харьковского Макара, Железина Федора, Оцевилли-Павлуцкого Ивана, Сасова Ефима и Трубчанинова – подвергнуть смертной казни через расстреляние, а деда Пономарева подвергнуть тюремному заключению с назначением на общественные работы впредь до восстановления связи с Благовещенском». Тряпицыну инкриминировалось то, что «он, занимая должность командующего красной армии Николаевского округа, допустил в период времени с 22 мая по 2 июня 1920 в г. Николаевске-на-Амуре и в период с того же 22 мая по 4 июля с.г., включительно в пределах Сахалинской области, ряд беспричинных арестов и расстрелов мирных граждан и их семейств разными, частью невыясненными должностными лицами, т. е. в бездействии власти». Таким образом, приговор не охватывал убийства, совершенные по приказу Тряпицына до 22 мая 1920 года.
Согласно показаниям управляющего Колчанскими приисками Джорджа Дайера следственной комиссии во Владивостоке 6 июля 1920 года, из 4 тыс. домов в городе уцелело не более 100. Из 1165 жилых зданий уцелело только 35. Из 9 тыс. эвакуированных большинство было убито во время марша через тайгу, особенно женщины и дети. К началу 1920 года руководители Николаевской коммуны, созданной Тряпицыным, оценивали численность жителей региона почти в 30 тыс. человек. В результате тряпицынской резни население Сахалинской области в 1920 году сократилось, по некоторым данным, до 10 тыс. человек. Число убитых партизанами Тряпицына оценивается в 10–15 тыс. человек. Это был один из самых массовых случаев красного террора в годы гражданской войны.
Подпоручик колчаковской армии и журналист Яков Лович (Дейч) вспоминал: «В начале лета 1922 года судьба забросила меня в Николаевск-на-Амуре – вернее в то место, где был этот когда-то цветущий город. Черная, страшная равнина, утыканная печными трубами, грудами кирпича, ржавого кровельного железа, горелыми бревнами. Кое-где, в разных местах, новые легкие фаршированные постройки, возведенные японцами.