1 сентября Каттакурганская группа вступила в бой за Кермине, где находилась летняя резиденция эмира. В ночь на 2 сентября советские саперы взорвали часть крепостной стены Старой Бухары у Каршинских ворот. 2 сентября с рассветом начался массированный артобстрел, поддержанный бомбардировкой с воздуха. К 6 часам утра были захвачены Мазар-Шарифские ворота. В 7.30 сводная бригада курсантов, стрелковый полк особого назначения, 10‐й, 12‐й стрелковые полки пошли на штурм со стороны Самаркандских и Каршинских ворот. Прорыв в город красные совершили через взорванный участок стены у Каршинских ворот. Вслед за пехотой в город вошел 1‐й кавполк. К концу дня войска Туркестанского фронта полностью овладели Бухарой. Последней сдалась цитадель Арк.
Преследование эмира оказалось безрезультатным. Сейид Алим-хан возглавил сопротивление в восточных районах эмирата. В Бухаре была провозглашена Бухарская Народная Советская республика, полностью подконтрольная Москве.
Безвозвратные боевые потери Туркестанского фронта в 1920 году официально составили 430 человек, но эта цифра имела мало общего с действительностью. 31 августа командующий 1‐й армией Зиновьев назвал по телефону потери громадными. Фрунзе еще до решающего штурма констатировал: «Мы несем огромные потери…перешедшие уже за цифру 500». Согласно оценке историка А. Арапова, потери советских войск при осаде и штурме Бухары могли быть 2–3 тыс. убитыми. А потери защитников Бухары и мирных жителей – 3–5 тыс. убитыми.
Представитель Москвы в Бухаре А. Машицкий докладывал: «Революция, оказавшись неподготовленной, превратилась в форменное выступление Красной армии, ничем не прикрытое, нарушившее все представления о праве бухарского народа на самоопределение, и Бухара фактически оказалась оккупированной страной. По Бухаре было выпущено несколько миллионов пуль и несколько тысяч пушечных снарядов, из которых было немалое количество и химических. Сила артиллерийского и пехотного огня была настолько велика, что возможность перехода бухарских солдат на сторону революции сама по себе отпала. Бухара в центре и в местностях, прилегающих к вокзалу, оказалась совершенно разрушенной. Уничтожены исторические памятники. Повреждены мечети, а некоторые из оставшихся в целости (2/3 из них) были превращены в казармы и конюшни. Начатые пожары и грабежи оказали самое вредное влияние не только на настроение народных масс, но и на Бухком (самых преданных делу революции товарищей), которые возмущались и открыто говорили, что Бухару «грабят большевики»».
В результате артиллерийских и авиационных ударов большинство строений цитадели Арк была разрушена. Серьезно пострадал исторический центр Бухары, включая окружающие его базары и жилые кварталы. Тысячелетний символ Бухары минарет Калян получил множество выбоин от снарядов, у него была обрушена часть фонаря. Бухара и Карши были охвачены пожарами: горели дворцы, базары, склады, погибли значительные запасы хлеба, сахара, чая, красок, ковров, шелка и др. Убытки от пожаров только в Старой Бухаре оценивались в десятки миллионов рублей.
Восстание Энвер-паши в Восточной Бухаре
Октябрь 1921 – август 1922 года
При поддержке советских властей 4 октября 1921 года бывший военный министр Турции, турецкого султана и халифа и один из лидеров младотурок Исмаил Энвер-паша прибыл в Бухару вместе с турецкими офицерами – полковником Ходжа Сами-беем, капитаном артиллерии Абдул Кадыр Мухиддин-беем и советскими представителями. С его помощью большевики рассчитывали осуществить лозунг «красной священной войны» против «мирового империализма». Официально Энвер-паша считался советником по формированию национальных частей Красной армии. Он также должен был убедить басмачей перейти на сторону Советской власти. Энвер установил тесные контакты с руководителями Бухарской Народной Советской Республики младобухарцами Файзуллой и Усманом Ходжаевыми и с председателем «Национального союза Туркестана» Ахмедом Заки Валиди (Валидовым), который, однако, скептически отнесся к его пантюркистским идеям. Энвер после переговоров с властями БНСР убедился, что большевики не пользуются поддержкой большинства населения Средней Азии, и написал в Москву письмо с требованием немедленно вывести советские войска с территории Бухары. Того же требовали и младобухарцы. В конце октября 1921 года он объявил о создании Пантюркисткого государства под лозунгом исламского социализма и начал газават против «красных империалистов». С отрядом в 90 человек, включая прибывших с ним турецких офицеров, Энвер тайно двинулся в Восточную Бухару, где вел переговоры с лидерами басмачей (моджахедов). Идеями пантюркизма и панисламизма он привлек на свою сторону многих моджахедов, но ряд курбаши отнеслись к нему настороженно. На встрече с курбаши Ибрагим-беком Локаем его отряд был разоружен, а сам Энвер-паша арестован, но по личному распоряжению эмира Бухарского освобожден от ареста и назначен наибом (наместником), «великим