Уильям Джонс. Гравюра с портрета кисти Дж. Рейнольдса. XVIII в.
4 марта 1783 года Джонс был назначен главным судьей Верховного суда в Форт-Уильяме, Калькутта, Бенгалия, а 20 марта был посвящен в рыцари. В апреле 1783 года он женился на Анне Марии Шипли, старшей дочери доктора Джонатана Шипли, епископа Ландаффского и епископа Сент-Асафского. Анна Мария использовала свои художественные способности, чтобы помочь Джонсу документировать жизнь в Индии. 25 сентября 1783 года они прибыли в Калькутту. Джонс увлекся индийской культурой и 15 января 1784 года основал в Калькутте Азиатское общество для ее изучения. Он познакомился с древнеиндийскими письменными памятниками, значительно усовершенствовал свои знания санскрита и перевел на английский язык многие важнейшие документы и памятники индийской истории. Иногда Джонс использовал псевдоним «Юнс Уксфарди», что по-арабски означало «Джонс из Оксфорда». В частности, под этим псевдонимом была опубликована его «Персидская грамматика» (A Grammar of the Persian language) (1771). Он сделал 11 ежегодных докладов перед Азиатским обществом о своих научных исследованиях. Джонс писал об индийских законах, музыке, литературе, ботанике и географии и сделал первые английские переводы нескольких произведений индийской литературы.
Уильям Джонс умер в Калькутте 27 апреля 1794 года от болезни печени.
За время своего пребывания в Индии Джонс опубликовал много работ по Индии, положив начало ее научному изучению практически во всех гуманитарных науках. В своей речи по случаю третьей годовщины образования Азиатского общества» 2 февраля 1786 года (Third Anniversary Discourse to the Asiatic Society) (1788) он предположил, что санскрит, греческий и латинский языки имеют общую основу и что все они могут быть связаны, в свою очередь, с готским и кельтским языками, а также с персидским. Джонс постулировал существование протоязыка, общего для санскрита, персидского, греческого, латинского, германского и кельтского языков. Он утверждал: «Пять основных народов, которые в разные века делили между собой, как своего рода наследство, обширный Азиатский континент и многие близкие к нему острова, – это индийцы, китайцы, татары, арабы и персы. Что это были за народы, откуда и когда они пришли, где они располагаются сейчас, и что нам сулит более глубокое их изучение, будет сказано, как я надеюсь, в пяти различных докладах, последний из которых продемонстрирует сходство или различие между народами и ответит на главный вопрос: есть ли у них какие-нибудь общие корни, и те ли это корни, которые мы обычно для этих народов устанавливаем». По поводу Индии он утверждал следующее: «Можно только пожалеть, что ни те греки, которые сопровождали Александра в его походе в Индию, ни те, кто долгое время был связан с этой страной в правление бактрийских князей, не оставили нам ни малейшей возможности узнать, какие местные языки они обнаружили, прибыв в эту империю. Мусульмане, насколько нам известно, слышали, что люди с полуострова Индостан, то есть из Индии, говорили на бхаша, живом языке весьма необычного строя, самый чистый диалект которого был распространен в местностях вокруг Агры, и главным образом в поэтической местности Матхура; его обычно называют языком Враджи. Возможно, пять из шести слов этого языка восходят к санскриту, на котором сочинялись религиозные и научные труды и который, судя по всему, создавался, как следует из его названия, путем тонкой грамматической систематизации из некого неотшлифованного говора. Но основа хиндустани, в особенности флексии и глагольное управление, так же отличается от обоих этих языков, как арабский от персидского или немецкий от греческого. Сейчас последствия завоевания для языков завоеванных народов в целом таковы, что эти языки остаются в своей основе неизмененными или изменяются лишь слегка, но заимствуют значительное число чужеземных слов, обозначающих как предметы, так и действия. Так было во всех случаях, какие приходят мне на ум, когда завоеватели – турки в Греции или саксы в Британии – не сумели уберечь свой язык от смешения с языком завоеванных. Такого рода аналогии могли бы заставить нас поверить, что чистый хинди татарского или халдейского происхождения был исконным языком Верхней Индии, куда санскрит был принесен в очень далекие времена завоевателями из других государств, ибо мы не можем сомневаться, что язык Вед использовался на обширных территориях страны (что уже отмечалось прежде), поскольку религия брахманизма в этой стране возобладала». Джонс так сформулировал суть сравнительной лингвистики: «Санскритский язык, какова бы ни была его древность, обладает удивительной структурой, более совершенной, чем греческий, более богатой, чем латинский, и более изысканной, чем каждый из них, но носящий в себе столь сильное сходство с этими двумя языками, как в корнях глаголов, так и в формах грамматики, что оно не могло быть порождено случайностью; родство настолько сильное, что ни один филолог, который занялся бы исследованием этих трех языков, не сможет не поверить тому, что все они произошли из одного общего источника, который, быть может, уже более не существует: имеется аналогичное основание, хотя и не столь убедительное, предполагать, что и готский, и кельтский языки, хотя смешанные с совершенно различными наречиями, имели то же происхождение, что и санскрит; к этой же семье языков можно было бы отнести и древнеперсидский, если бы здесь было место для обсуждения древностей персидских».
Джонс был первым, кто предложил расовое разделение Индии, связанное