С конца июня 1904 года организация агентурной разведки была поручена генерал-майору Генерального штаба В.А. Косаговскому, которому был подчинен и Нечволодов. Но на организацию разведки была выделена мизерная сумма в 50 тысяч рублей. Кроме того, на пути плодотворной работы этих людей также стоял субъективный фактор – вражда к Касаговскому генерал-квартирмейстера Маньчжурской армии генерала В.И. Харкевича. По этому поводу начальник разведки писал в своем дневнике: «Владимир Иванович Харкевич боялся, как бы я не стал ему поперек дороги, и употребил все от него зависящее, чтобы затормозить мне это дело. И, увы, он благополучным образом достиг этой гнуснейшей цели на пагубу русскому делу. Харкевич не только не дал мне ни одного способного офицера Генштаба, но еще и подставлял всюду ножку, подрывая мой престиж и восстанавливая против меня Куропаткина, Сахарова и вообще весь штаб».
Японцы действовали более удачно. После сражения под Мукденом в начале 1905 года им удалось захватить часть штабных обозов с делами разведывательного отделения русской армии. В результате этого практически все русские агенты, работавшие в Японии, оказались под угрозой провала. Многих из них пришлось отозвать, в том числе и журналиста Бале. Источники информации пресеклись.
Непосредственно в армии разведка работала неэффективно и исключительно в интересах главного командования. До 26 октября 1904 года штабы корпусов и дивизий от вышестоящих инстанций не получали никакой информации о противнике. Затем, после разделения армии на три оперативных объединения, каждое из них обзавелось своим разведывательным отделением, взаимодействие между которыми также не было налажено. Школа по подготовке агентов из китайцев была создана только в мае 1905 года, но возглавивший ее редактор одной из местных газет в деле разведки был полным профаном. Поэтому эта школа не оправдала возлагавшихся на нее надежд и через два месяца была закрыта.
По мере продвижения японских войск по территории Маньчжурии на Север российским командованием в начале лета 1905 года была предпринята попытка организации партизанских действий на флангах и в тылу противника. С этой целью с разрешения главнокомандующего купцом Тифонтаем при участии китайского полковника Чжан-Чжен-юаня был сформирован специальный отряд «Пинтуй». В его состав вошли 500 китайцев, навербованных из бывших солдат, милиционеров и даже хунхузов. Русскую сторону представляли офицер (вначале штабс-капитан Блонский, а затем поручик Суслов), 10 казаков и два фельдшера.
По итогам организации и ведения партизанских действий отмечалось, что их низкая эффективность обуславливалась, прежде всего, отсутствием специальной подготовки и слабым знанием военной организации противника. Для боевых же действий армейского характера «они не были подготовлены и представляли из себя слишком слабые силы».
В поисках новых форм воздействия на противника японское правительство не ограничилось ведением активной разведывательной, контрразведывательной и чисто военной деятельности на театре войны и в прилегавших к нему районах. Японцы одними из первых при подготовке и особенно в ходе войны применили такой вид противоборства, как ослабление правительственной власти в стране за счет активизации оппозиционного (революционного) движения. При этом ставка была сделана на финляндскую и грузинскую националистические оппозиции.
При разработке планов будущей войны японцы учитывали возможный рост революционного движения в России. Уже в середине 1903 года в одном из документов японского Генерального штаба указывалось, что российское социалистическое движение (особенно Бунд) следует рассматривать как возможного союзника при проведении подрывных операций. Вместе с тем до начала войны японский Генштаб не имел ясного представления об организации таких операций. Такое представление появилось лишь после начала сотрудничества их агентов с лидерами оппозиционных партий России.
В июне 1906 года в Петербурге в издательстве А.С. Суворина вышла в свет брошюра «Изнанка революции. Вооруженное восстание в России на японские средства». В ней были воспроизведены фотокопии писем, которыми в первой половине 1905 года обменивался бывший военный атташе Японии в России полковник Мотодзиро Акаси с организаторами и руководителями Финляндской партии активного сопротивления К. Циллиакусом и Грузинской партии социалистов-федералистов-революционеров Г.Г. Деканозовым. Опубликованная переписка касалась главным образом закупки и нелегальной отправки в Россию большой партии оружия для революционных организаций.
Акаси занимал пост японского военного атташе в России в 1902–1904 гг. Безусловно, в то время он был под наблюдением русской полиции, но ничего предосудительного за офицером замечено не было. Но после переезда японского дипломатического представительства из Петербурга в Стокгольм в связи с началом войны связи Акаси с лидерами оппозиционных националистических партий активизировались.
Весной 1905 года русскому правительству становится известно, что Циллиакус закупил в Гамбурге 6 тысяч «маузерных пистолетов» и намерен купить яхту для доставки оружия в Россию. «Циллиакус находится в сношениях с японцами и доставляет большие суммы денег финляндским и польским революционерам», – сообщает российский агент.
Зимой и весной 1904 года японская агентура активизировала работу среди руководства Польской социалистической партии (ППС). В марте 1904 года член Центрального революционного комитета ППС В. Иодко даже представил японцам план антироссийского вооруженного восстания. Но в Токио к такой перспективе отнеслись с недоверием. Зато Ю. Пилсудский на разведывательную работу, диверсии в тылу русской армии и пропаганду среди польских солдат получил 20 тысяч фунтов стерлингов (200 тысяч рублей).
Сотрудничество Акаси с Деканозовым началось с июня 1904 года после их встречи в Париже. Там грузинскому националисту удалось убедить японского резидента начать с ним активное сотрудничество, обещая получение быстрых результатов.
Следствием деятельности японцев среди российских антиправительственных организаций стали решения Парижской (1904 г.) и Женевской (1905 г.) конференций социал-демократических партий России, наметивших курс на вооруженное восстание.
В феврале 1905 года Циллиакус, обещая к лету «разжечь в России большое движение», запросил у Японии на это 450 тысяч иен. Уже в середине марта военное ведомство Японии приняло решение ассигновать на нужды вооруженного восстания в России миллион иен, которое к концу месяца было одобрено правительством.
В конце марта – начале апреля 1905 года в эмиграции развернулась работа по закупке оружия, которой руководили Циллиакус и Деканозов. В июне в Гамбурге Циллиакус приобрел 2,5–3 тысячи револьверов «Веблей» с патронами. Затем в Швейцарии Деканозов закупил около 25 тысяч снятых с вооружения винтовок и 4 миллиона патронов. Треть винтовок и чуть больше четверти боеприпасов предполагалось направить в Россию через Черное море и Кавказ, остальные – через Балтику и Финляндию. Для их доставки были закуплены две паровые яхты и 315-тонный пароход «Джон Графтон». На нем в начале сентября часть оружия и боеприпасов были доставлены в