Князь А.М. Львов умер бездетным, и в 1656 г. после его смерти Ясенево отписано «на государя», а после женитьбы Петра I на Евдокии Лопухиной село пожаловали ее отцу Федору Авраамовичу Лопухину: он, как писалось в жалованной вотчинной грамоте царей Ивана и Петра, «оставя дом свой и всякое упокоение, у нас, великих государей, в нашем царском дому пребывая неотступно… служит верно и безкорыстно и нашего великих государей здравия оберегает, яко зеницу ока со всяким радением». Вот, исходя из этих немаловажных заслуг, цари Иван и Петр «велели ему, боярину нашему Федору Авраамовичу, дать в вотчину из наших дворцовых сел в Московском уезде село Ясенево со крестьяны и с пашнею с сенными покосы и со всеми угодьями».
Тогда в селе находились «двор боярский, да двор конюшенный, двор скотный, 8 дворов деловых людей и 26 дворов крестьянских и бобыльских».
Впоследствии Ясенево было отобрано у него, впрочем, как и другое имущество: после возвращения царя из-за границы он приказывает постричь Евдокию в монашество, а в связи с открытием заговора Цыклера, Соковнина и Пушкина Лопухины были признаны «прикосновенными» к нему и удалены из Москвы. Федора Лопухина отправили воеводой в далекую Тотьму. Он скончался в 1713 г., и Ясенево перешло к его сыну Аврааму Федоровичу, но после опалы, постигшей Лопухиных в результате следствия над царевичем Алексеем, имущество их было вообще конфисковано и Ясенево поступило опять в дворцовое ведомство. Тогда произвели подробную опись, из которой можно узнать, что представляла собой боярская усадьба в начале XVIII в. В селе стоял барский двухэтажный дом, построенный из соснового и елового леса и крытый тесом на четыре ската, в котором семь комнат, или светлиц, две в верхнем и пять в нижнем этаже. В некоторых светлицах стены обтянуты беленым полотном; окна либо стеклянные, либо слюдяные. В светлицах у стен стояли обычные лавки, кроме них – липовые и дубовые столы, шкапы, стулья, простые, а также «витые», обитые кожею. Конечно, в комнатах были иконы, но, кроме них, опись насчитала более 30 «листов печатных фряжских». На обширном, почти в десятину, усадебном дворе, огороженном забором с воротами, затейливо украшенными точеными балясами помещались господский флигель из двух светлиц и множество хозяйственных построек: изба приказчика, изба для конюха, две житницы, поварня с двумя «приспешными» избами, погреб и ледник, пивоварня, конюшня о 9 стойлах. У главного двора стояли еще и скотный двор с сараями, хлевами и избами для скотников и «остоженный» (сенной) двор с двумя амбарами. К усадьбе подходил обширный фруктовый сад, на трех с половиною десятинах, с прудами и деревянной шатровой беседкой. Опись насчитала в саду 1800 разного рода яблонь, сотни слив и вишен.
Ясенево возвратили Лопухиным, когда на престол вступил Петр II, внук царицы Евдокии Лопухиной, – в усадьбе водворился сын А.Ф. Лопухина, Федор. При нем началось возрождение усадьбы: строительство каменных жилых зданий и церкви.
В 1733 г. был выдан указ о строении нового здания церкви по челобитью бригадира Федора Аврамова сына Лопухина: «в вотчине ево, в селе Ясеневе, при Знаменской деревянной церкви построить вновь каменную холодную церковь во имя свв. Верховных Апостолов Петра и Павла». Но тогда ее не выстроили, и только через 17 лет, в 1750 г., консистория вторично рассматривает вопрос «о построении в селе Ясиневе, Московского уезда, Пехрянской десятины, в имении Лопухина, вместо деревянной, каменной церкви…».
Главный престол был освящен во имя Петра и Павла, а приделы – преподобного Сергия и великомученицы Параскевы (они были обновлены в 1863 г.). Церковь закрыли в 1930-х гг., там находился склад, в 1989 г. ее возвратили верующим.
Возможно, что одновременно с каменной церковью был построен в середине XVIII в. и главный дом с двумя флигелями, редкий образец елизаветинского барокко.
Ф.А. Лопухин скончался в 1757 г., и усадьбой стала владеть его вдова Вера Борисовна, урожденная Шереметева, потом дочь Анна, принесшая Ясенево в приданое, выходя замуж за А.А. Лопухина, своего дальнего родственника.
Не ясна принадлежность Ясенева в конце XVIII в.: в 80-х гг. XVIII в. Лопухины продали усадьбу князю Андрею Гагарину, и по сведениям церковных исповедных ведомостей, в 1799 г. владельцем села числится Анна Петровна Гагарина, а в 1800 г. село принадлежало княгине Анне Григорьевне Белосельской-Белозерской, урожденной Козицкой, но впоследствии же владельцами числились опять Гагарины.
Сообщают, что Ясенево было приобретено императором Павлом I в 1799 г. и подарено Анне Петровне Лопухиной в годовщину ее свадьбы с князем П.Г. Гагариным. Анна Лопухина была предметом страстных желаний Павла, но, не желая сдаваться на его притязания, она призналась ему, что любит Гагарина. Павел согласился на свадьбу, но домогательств не прекратил и, как говорят, добился своего. Император кончил жизнь в марте 1801 г. насильственной смертью, а Анна Петровна умерла через четыре года. После ее смерти князь Гагарин жил в Петербурге и стал там предметом насмешек и толков: он ходил неопрятный по городу, жил в своем доме один, если не считать сотен птиц, а также кошек и собак, подбираемых им на улице. «Все это летало по воле, ело и пило из расставленных сосудов, портило мебель и картины, из которых некоторые так были залеплены, что нельзя было рассмотреть сюжета», – рассказывает бытописатель прошлого столетия М.И. Пыляев. Только под конец своей жизни он избавился от этих привычек, женился на балерине и умер в 1850 г.
А Ясенево еще в 1818 г. перешло к представителю той же фамилии, князю Сергею Ивановичу Гагарину, о котором сохранилась добрая память в России. Он был одним из основателей (вместе с графом П.А. Толстым) и многолетним председателем – с 1840 по 1860 г. – Московского общества сельского хозяйства, основанного с целью улучшить ведение его в России: неудивительно поэтому, что при нем Ясенево превратилось в опытное хозяйство, где испытывались передовые методы растениеводства и животноводства. Поездки за границу он использовал, не в пример многим русским аристократам, для тщательного знакомства с достижениями Европы в сельском хозяйстве. Он много писал о рациональном его ведении, выписывал из-за границы и раздавал помещикам лучшие сорта зерновых культур, при нем была проведена первая выставка сельского хозяйства, учреждена практическая школа шелководства, основан комитет акклиматизации растений и животных. Неудивительно, что его Ясенево славилось тонкорунными овцами и знаменитыми садами.
Единственный сын С.И. Гагарина, Иван Сергеевич, не пошел по его стопам, он принял католичество и скончался за границей, а Ясенево перешло к дочери Марии Сергеевне, вышедшей замуж за генерала от инфантерии С.П. Бутурлина,