1500–1503 годы. Римский папа Александр VI Борджиа повелел уничтожить православие в Литве. У православных стали отбирать храмы, насильно перекрещивать в католичество. Иван Васильевич вступился, начал войну. Литовцев вдребезги разгромили в битвах на реке Ведрошь и под Мстиславлем. По требованиям папы в войну вступил Ливонский орден. Но Русская держава победила. Литва потеряла третью часть своей территории, ей пришлось пообещать и не притеснять православных, а немцам – платить дань.
1502 год. Тайную секту в правительстве разоблачили. Елену Волошанку и внука Дмитрий Иван Васильевич отправил в тюрьму, запретил называть их великими князьями и молиться за них – они же не были христианами. Василия он назначил своим соправителем.
7 апреля 1503 года. Сектанты отомстили, отравили жену государя Софью. Но их продолжали вылавливать.
Июль 1503 года. Иван Васильевич провёл церковный Собор о недостатках в Церкви, об их исправлении.
Лето и осень 1503 года. У государя случился инсульт, отнялись рука и нога, ослеп один глаз. Когда стало получше, он с сыновьями отправился в паломничество по монастырям. А когда вернулись, реально править страной стал уже сын Василий, но с отцом он советовался.
Июнь 1504 года. Иван Васильевич составил и утвердил завещание, передавал после себя всю власть Василию.
Декабрь 1504 года. Церковный Собор осудил выловленных сектантов. Руководителей казнили, остальных пожизненно разослали по тюрьмам и монастырям.
Май 1505 года. Иван Васильевич обдумывал, что он не доделал в жизни. В Кремле остались не перестроенными два храма – церковь Святого Иоанна Лествичника и Архангельский собор, где хоронили московских государей. И сын Василий оставался не женатым. Иван Васильевич велел искать ему невесту, а оба старых храма приказал разобрать, строить новые.
8 сентября 1505 года. Состоялась свадьба сына Василия с боярской дочерью Соломонией Сабуровой.
27 октября 1505 года. Государь Иван Великий умер. К этому времени как раз успели возвести стены нового Архангельского собора, и для него там оборудовали гробницу. Церковь Святого Иоанна Лествичника достраивали уже позже – с высокой колокольней, видной со всех концов Москвы. Люди стали называть её «Иван Великий», в память об Иване Васильевиче.