Однако самой большой трагедией стало появление нового фактора в палестинской проблеме — палестинских беженцев, численность которых к концу войны составляла около 900 тыс. человек, из которых примерно половина были вынуждены покинуть свои земли и дома еще до официального начала войны вследствие террора, развязанного еврейскими колонистами. Вслед за различными международными организациями, оказывавшими помощь этим обездоленным людям, в процесс поддержки беженцев включилась ООН, учредившая в ноябре 1948 г. специальный фонд для помощи палестинским беженцам, а затем специальным решением ГА ООН № 302/IV от 9 декабря 1949 г. создала Ближневосточное агентство для помощи палестинским беженцам и организации работ (БАПОР). Благодаря этим усилиям мирового сообщества в том же, 1949 г. были созданы 54 специализированных лагеря в Иордании, Ливане, египетском секторе Газа и Сирии, в которых нашли приют более 400 тыс. беженцев, хотя это и не решало саму проблему. Более того, Израиль полностью проигнорировал принятую 11 декабря 1948 г. резолюцию № 194/III ГА ООН, признавшую за палестинскими беженцами право на репатриацию или получение компенсации за имущество в случае отказа от возвращения на родину.
С конца 1940-х годов и до конца 1960-х главным противником Израиля в споре за Палестину оставались арабские страны. Тем не менее, постепенно в арабских столицах стала набирать силу тенденция, что основную тяжесть вооруженного противостояния израильскому государству должны взять на себя палестинцы. Однако реализация этих планов была крайне затруднена в силу разобщенности в палестинской среде. В 1940-1950-е годы палестинские выступления, в том числе партизанские действия на оккупированной территории, носили разрозненный характер и не получали должной поддержки со стороны основной массы палестинцев. Вместе с тем именно в этот период отмечается включение палестинцев в деятельность различных политических организаций, выступавших с общеарабских позиций в различных странах Ближнего Востока и Северной Африки. Одновременно с этим постепенно стали формироваться новые собственно палестинские структуры, которые по-прежнему действовали разрозненно, так как зачастую оставались под влиянием различных, нередко противоборствовавших арабских государств. На рубеже 1950-1960-х годов возрождение палестинского национального самосознания и приход некоторых палестинских националистов к заключению о том, что палестинский народ должен взять решение своей судьбы в собственные руки, создали благоприятные условия для интеграционных процессов в разбросанной по арабскому миру палестинской диаспоре.
В январе 1964 г. главы арабских государств и правительств, собравшиеся на совещание в Каире, решили предоставить самим палестинцам «взять на себя ответственность за свое национальное дело и освобождение Палестины». Одновременно с этим было решено создать Организацию освобождения Палестины (ООП), наделенную как политическими, так и военными функциями.
28 мая 1964 г. в иорданском секторе Иерусалима состоялся Палестинский национальный конгресс, на котором присутствовало 422 делегата, представлявшие палестинцев, обосновавшихся в Иордании, Сирии, Ливане. Ираке, аравийских государствах Персидского залива и секторе Газа. Они объявили о созыве 1-й сессии Национального совета Палестины (НСП), которая создала ООП и приняла Палестинскую национальную хартию, ставшую программным документом Организации. Помимо этого, сессия НСП утвердила Устав ООП, в соответствии с которым ее членами считались все палестинцы. Высшим законодательным органом ООП объявлялся Национальный совет Палестины, избираемый сроком на три года. В функции НСП, в частности, входит назначение председателя Исполкома ООП, призванного претворять в жизнь решения НСП. После официального признания на втором общеарабском совещании в верхах в Александрии в сентябре 1964 г. ООП приступила к формированию подразделений Армии освобождения Палестины (АОП) на территории Египта, Сирии и Ирака. Так начался сложный процесс консолидации ранее разрозненных организаций и групп, составлявших Палестинское движение сопротивления (ПДС). Ведущее место среди них заняло Движение за освобождение Палестины (Фатх), созданное Ясиром Арафатом в 1957 г. Однако на протяжении еще нескольких лет боеспособность и влияние ООП были крайне низкими вследствие острых внутренних противоречий, борьбы за власть и личных амбиций ее руководителей. Это приводило к тому, что вне рамок ООП продолжали существовать различные палестинские движения, организации и отряды.
5 июня 1967 г. Израиль совершил нападение на Египет, Иорданию и Сирию, начав таким образом новую арабо-израильскую войну. Одной из целей израильской армии был разгром ПДС на территории соседних арабских государств. Несмотря на скоротечность этой «шестидневной войны», Израиль увеличил свою территорию в четыре раза, оккупировав Западный берег р. Иордан и сектор Газа, а также установив свой контроль над всем Иерусалимом, не говоря уже об аннексии принадлежавшего Египту Синайского полуострова и сирийских Голанских высот. По данным БАПОР, в результате политики Израиля еще 350 тыс. палестинцев оказались в положении беженцев, причем 175 тыс. из них получили этот статус еще в 1948 г.
Столь ощутимое поражение, нанесенное израильтянами как арабским странам, так и ПДС, стимулировало интеграционные процессы в ООП, становление которой пришлось на конец 1960-х годов. В этот период в арабских странах начала формироваться инфраструктура ООП, которая включала в себя базы, учебно-тренировочные лагеря, официальные учреждения, органы печати. Именно в эти годы стали складываться крупные и влиятельные палестинские военно-политические группировки, составившие впоследствии основу ООП, такие, как «ас-Саика», Народный фронт освобождения Палестины (НФОП), Арабский фронт Палестины (АФП) и др. Палестинские лидеры все больше осознавали, что идеологическая и организационная разобщенность ПДС пагубно сказывается на достижении общенациональных интересов, связанных с освобождением оккупированных территорий и созданием в Палестине своего независимого государства. В этих условиях ширилось движение за обновление ООП, которое возглавил Фатх. В декабре 1967 г. был вынужден уйти с поста председателя Исполкома ООП Ахмед Шукейри, которого заменил Ясир Арафат, избранный на этот пост на 5-й сессии НСП в феврале 1969 г.
Однако этот объединительный процесс сопровождался рядом осложнений, связанных, прежде всего, с опасением некоторых арабских режимов относительно усиления влияния ПДС, включая ООП, на своей территории. Наиболее наглядно это прослеживалось в Ливане и Иордании, где в 1968–1970 гг. произошли ожесточенные столкновения между вооруженными силами этих стран и палестинцами. В результате кровопролитных боев в сентябре 1970 г. иорданская армия смогла нанести поражение отрядам ПДС, базировавшимся на территории королевства, и вытеснить их за его пределы в Ливан и Сирию. Схожая ситуация в Ливане завершилась для лидеров ПДС разрешением конфликта дипломатическим путем. Благодаря посредническим усилиям президента Объединенной Арабской Республики Гамаля Абдель Насера 3 ноября 1969 г. в Каире было подписано ливано-палестинское соглашение, в соответствии с которым ливанское правительство официально признало военно-политическое присутствие ПДС в стране и правомерность его действий против Израиля. Тем самым впервые официально был зафиксирован