В этих условиях группа националистически настроенных офицеров суданской армии во главе с министром обороны генерал-лейтенантом Абд ар-Рахманом Сиваром ад-Дагабом 6 апреля 1985 г. совершила бескровный государственный переворот. Президент Нимейри, его заместители и все члены правительства были смещены со своих постов, а Национальное народное собрание, правящий ССС и региональные советы Юга распущены, была также отменена конституция 1973 г.
Военные, свергнув Нимейри, обратились к населению с требованием воздержаться от дальнейших массовых акций, и 8 апреля 1985 г. всеобщая забастовка была прекращена. Был образован переходный военный совет (ПВС), а 21 апреля им было сформировано гражданское переходное правительство. В этот период образовалось множество новых партий. С новой силой разгорелась борьба правых и левых сил. Особой остротой отличались столкновения коммунистов и «Братьев-мусульман». Освобожденный из заключения лидер исламистов Хасан ат-Тураби на базе суданской ассоциации «Братьев-мусульман» создал Национальный исламский фронт (НИФ), учредительный съезд которого состоялся в мае 1985 г. После 14 лет работы в условиях подполья возобновила свою легальную политическую деятельность Суданская компартия.
Генерал ад-Дагаб, с одной стороны, добился от Ливии и Эфиопии прекращения помощи южносуданским повстанцам, а с другой — стягивал правительственные войска на Юг. В отличие от первого повстанческого движения «Анья-Нья», которое до 1974 г. вело борьбу за независимость Юга, Движение за освобождение суданского народа (ДОСН) и его военная организация — Национально-освободительная армия Судана (НОАС) заявили, что ведут борьбу за независимый, социалистический и неисламский Судан. Численность их вооруженных формирований к этому времени оценивалась западными военными специалистами в 20–25 тыс. человек. В июне 1985 г. возобновились боевые действия на Юге. Сообщение военного министра о наступлении НОАС на Юге взорвало политическую обстановку в стране. 19–20 августа прошли бурные демонстрации и столкновения между арабами и южносуданцами. Власти подавили мятеж, вспыхнувший в инженерных и вспомогательных частях суданской армии, которые были укомплектованы выходцами из горных районов Гебель-Нуба.
Лидер ДОСН Джон Гаранг публично осудил тактику ад-Дагаба, направленную на решение южносуданской проблемы путем эскалации военных действий.
В апреле 1986 г. состоялись выборы в Учредительное собрание. Большинство голосов получили кандидаты от «аль-Уммы» и Юнионистской демократической партии (ЮДП). ПВС передал всю полноту власти вновь избранному парламенту и был распущен.
С 1986 г. социально-экономическая ситуация значительно ухудшилась в связи с засухой, поразившей почти все центральные, западные и восточные регионы страны. Угроза массового голода вынудила правительство Судана обратиться к мировому сообществу с просьбой об оказании гуманитарной помощи населению пострадавших районов. Резко возросли цены на продукты первой необходимости. Планировалось также сокращение государственных расходов на 10 %. В связи с растущими экономическими трудностями кабинет ас-Садыка аль-Махди лишался возможности проводить эффективную политику в южных провинциях. Предпринятое в 1986–1987 гг. наступление правительственных войск в Бахрэль-Газале и Южном Дарфуре окончилось неудачей. Это способствовало дополнительному осложнению социальной обстановки на Севере.
Кабинет ас-Садыка аль-Махди продемонстрировал неспособность урегулировать положение на юге страны, а значит, и возобновить реализацию важных проектов в этом регионе (нефтяные разработки, нефтепереработка, канал Джонглей-Манакиль). Экономическое положение страны значительно ухудшилось. В условиях ограниченного роста доходов от экспорта шло одновременно привлечение новых кредитов и займов. Постоянно росла внешняя задолженность, достигнув 12–13 млрд. долл. Судан превратился в самого крупного должника МВФ (700 млн. долл.).
Развал экономики, непосильный внешний долг, неудачи на фронте, распри в правительственной коалиции привели к правительственному кризису. В стране продолжало сохраняться введенное в 1985 г. чрезвычайное положение. В августе 1987 г. правительственная коалиция («аль-Умма» и ЮДП) стала разваливаться. Процесс урегулирования проблемы Юга зашел в тупик. В феврале 1988 г. военные столкновения возобновились с новой силой. Из-за дефицита в производстве проса и сорго — основных видов продовольственных зерновых — экономическое положение еще больше ухудшилось. Уровень инфляции достиг 100 %. Война на Юге обходилась в 1 млн. суд. ф. (400 тыс. долл.) в день. Из-за необходимости обслуживания внешнего долга правительство было вынуждено печатать не обеспеченные товарами деньги. В стране функционировала теневая экономика. Процветал «черный рынок». В августе 1988 г. страну постигло новое несчастье — сильное наводнение. На преодоление последствий стихийного бедствия потребовались новые ассигнования, что ложилось тяжелым бременем на государственный бюджет. В результате всего этого в стране нарастала социальная напряженность, происходили многочисленные демонстрации.
Руководство ЮДП в 1988 г. установило в Лондоне контакт с повстанческим движением, и 16 ноября 1988 г. Мухаммед Осман аль-Миргани (ЮДП) и Джон Гаранг подписали мирное соглашение. Оно было одобрено подавляющим большинством суданцев, однако из-за происков враждебных сил его выполнение было сорвано, что обрекало на провал все попытки выправить тяжелое экономическое положение в стране. В 1988 г. была принята новая конституция, в разработку которой внес большой вклад ат-Тураби. Согласно ей, шариат стал одним из источников законодательства.
Сохранявшееся напряженное финансово-экономическое положение Судана, его неспособность выплатить существующий внешний долг предопределили его дальнейшую ориентацию на получение помощи от международных финансовых организаций, стран Запада и арабских нефтеэкспортируюших стран. При финансовой поддержке МВФ в стране началось осуществление четырехлетней программы восстановления экономики на 1987/88-1990/91 гг., предусматривавшей ограничение государственных расходов, отмену контроля над деятельностью большинства госпредприятий и госсубсидий на пшеницу и нефтепродукты и т. д. Летом 1989 г. в стране усугубился социально-экономический кризис, выросли цены на многие товары, ощущалась нехватка топлива, медикаментов и других товаров первой необходимости. Вместе с резким ухудшением положения на Юге все это подтолкнуло военных к очередному перевороту. Армейское руководство обвинило политические партии в неспособности консолидировать усилия в интересах национальной безопасности. 30 июня 1989 г. радио Омдурмана объявило о «революции национального спасения» под руководством Омара Хасана аль-Башира, что означало возврат армии к власти. Генерал аль-Башир возглавил «Совет командования революции национального спасения» (СКРНС).
С помощью экспертов МВФ и МБРР была разработана программа структурной стабилизации и восстановления экономики Судана на 1990/91-1992/93 гг. Основное внимание в ней уделялось главной отрасли — сельскому хозяйству, в частности увеличению производства основных сельскохозяйственных культур. Программой предусматривалось продолжение курса на либерализацию экономики, приватизацию убыточных предприятий госсектора или преобразование их в смешанные компании, отмена государственной монополии в сфере торговли, привлечение иностранных инвестиций.
Для выполнения указанных целей одновременно предполагалось провести реформирование финансовой системы, усовершенствовать правовую базу, устранить препятствия для расширения частнопредпринимательской деятельности. Приватизированные предприятия подлежали акционированию с привлечением к участию в этом процессе как частного национального, так и иностранного капитала. Однако Судану, как и прежде, не удалось полностью выполнить намеченную на три года программу. Вместо нее была теперь принята десятилетняя, названная «стратегией национального развития». Предусматривалось повышение темпов экономического роста за счет мобилизации в основном внутренних ресурсов, введения режима строжайшей экономии средств, сокращения непроизводственных расходов. Осуществление программы вновь столкнулось с финансовыми и производственными трудностями,