После того, как уничтожение заключённых в концлагерях приняло широкие масштабы, СС приступили и к «утилизации» мёртвых. В сентябре 1940 г. Гиммлер издал распоряжение об изъятии у умерщвлённых заключённых золотых коронок и передаче «добытого» таким образом золота экономическому отделу СС.
Вскоре во всех крупных лагерях из заключённых, зубных врачей и техников, были образованы специальные команды по сбору золотых протезов. Уже к осени 1944 г. в одном только Освенциме было собрано, переплавлено и отправлено в центр примерно 2 тонны золота. Ежемесячные поставки золота из Дахау оценивались в 30000 золотых марок.
Использовалась и одежда уничтоженных заключённых. На 6 февраля 1943 г. только из Освенцима и Люблина в адрес центральных учреждений империи было направлено 825 вагонов с текстильными изделиями (преимущественно с подержанной одеждой).
На этом «утилизация» умерщвлённых не ограничивалась. По заданию руководства СС были организованы опытные работы по производству мыла из человеческих трупов. Экспериментами в этой области занимался анатомический институт в Данциге.
Начиная с 1939 г., многие концлагеря стали базой, где над заключёнными «в интересах науки и вермахта» эсэсовские врачи-убийцы начали проводить чудовищные медицинские опыты и эксперименты. Заключённым проводили операции без обезболивания, замораживали, заражали инфекционными болезнями, в частности малярией и пр. Жертвами этих экспериментов стали тысячи человек. Размах нацистского конвейера смерти был ужасающим. Только на территории Германии насчитывалось 1100 концлагерей. Через концлагеря прошли 18 млн человек, 12 млн из них погибли.
Наряду с деятельностью концлагерей, где от изнурительного труда и издевательств погибали миллионы людей, на промышленных предприятиях и шахтах Германии, в поместьях помещиков и богатых крестьян трудились миллионы насильно пригнанных мужчин и женщин. Их положение мало чем отличалось от положения узников концлагерей, они тоже умирали, не выдерживая 12-14-часового рабочего дня и недоедания. Над ними также издевались, избивали и убивали за малейшую провинность или неповиновение. Только в течение 1942 года в Германию с оккупированных территорий Советского Союза и Западной Европы было доставлено 3638065 мужчин и женщин. Согласно указаниям «уполномоченного по труду» рейха, Фрица Заукеля, всех людей, насильно пригнанных в Германию, следовало кормить, размещать и обращаться с ними таким образом, чтобы эксплуатировать их с наибольшим эффектом при минимально возможных затратах.
При рассмотрении вопроса о преступлениях германских нацистов против человечества необходимо отдельно остановиться на их действиях в отношении народов, которые были приговорены к полному уничтожению. Таковыми являлись евреи и цыгане. Геноцид нацистов против еврейского, цыганского и ряда других малых народов получил в истории название Холокост (от англ. holocaust, из др. — греч. λοκαστος — «всесожжение»).
В 1933 году еврейское население Европы превышало девять миллионов человек. Большинство европейских евреев жили в странах, которые во время Второй мировой войны были оккупированы Германией или находились под ее влиянием. К 1945 году немцы и их сподвижники убили почти две трети из числа евреев, живших в Европе и на территории Советского Союза. Антисемитизм, изначально заложенный во все программные документы НСДАП, получил свою практическую реализацию сразу после захвата нацистами власти в самой Германии. Однако масштабность и крайние формы в преступной деятельности нацистов против евреев и ряда других народов проявились в ходе Второй мировой войны.
31 июля 1941 года Герман Геринг подписал приказ о назначении главы РСХА обергруппенфюрера СС Рейнхарда Гейдриха ответственным за «окончательное решение еврейского вопроса», что означало полное уничтожение этого народа.
В середине октября 1941 года началась депортация евреев из Германии в гетто Польши, Прибалтики и Белоруссии.
В январе 1942 года, в разгар войны против Советского Союза, на Ванзейской конференции была одобрена программа «окончательного решения еврейского вопроса». Это решение не афишировалось, и мало кто (в том числе и будущие жертвы) в то время мог поверить, что в XX веке такое возможно. Евреев Германии, Франции, Голландии, Бельгии посылали на восток, в лагеря и гетто Польши и Белоруссии, рассказывая им о временности такого переселения. В Польше создавались лагеря смерти, которые вообще не были рассчитаны на проживание большого количества людей — только на быстрое уничтожение новоприбывших. Места для строительства первых из них (Хелмно и Белжец) были выбраны ещё в октябре 1941 г. Уничтожение евреев Польши получило название «Операция Рейнхард» в честь убитого в мае 1942 г. в Праге Рейнхарда Гейдриха.
В декабре 1941 г. начал действовать первый лагерь смерти в Хелмно. Там евреев убивали угарным газом в автомобилях, в грузовиках — «душегубках». В июле 1942 г. начались массовые депортации из гетто Варшавы (самого крупного из всех созданных) в лагерь смерти Треблинка. До 13 сентября 1942 г. были депортированы или погибли в гетто 300 тыс. евреев Варшавы.
В 1942 г. было уничтожено большинство евреев Восточной и Центральной Европы и значительная часть евреев Западной Европы. Успешное наступление Советской армии на ряде фронтов в 1943 г., изменение ситуации после Сталинградской битвы и поражения армии Роммеля под Эль-Аламейном повлекли за собой ускорение темпов расправы нацистов над евреями.
Быстрое продвижение советских войск на запад принудило эсэсовцев лихорадочно ликвидировать последние гетто и рабочие лагеря и заметать следы совершённых в них преступлений. Специальное подразделение (зондеркоммандо-1005) занималось сожжением трупов на месте массовых расстрелов. Поспешно были ликвидированы почти все гетто и лагеря, ещё остававшиеся на территории Польши, Украины, Белоруссии, Латвии и Литвы. Всего за период с 1939 по 1945 гг. было замучено, расстреляно, уничтожено в лагерях смерти более 6 млн евреев.
Хотя евреи, которых нацисты считали главной угрозой Германии,